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一、來料加工模式
1、辦理出口退稅登記
一般程序如下：
（1）有關證件的送驗及登記表的領取
企業在取得有關部門批準其經營出口產品業務的文件和工商行政管理部門核發的工商登記證明后，應于30日內辦理出口企業退稅登記。
（2）退稅登記的申報和受理
企業領到"出口企業退稅登記表"后，即按登記表及有關要求填寫，加蓋企業公章和有關人員印章后，連同出口產品經營權批準文件、工商登記證明等證明資料一起報送稅務機關，稅務機關經審核無誤后，即受理登記。
（3）填發出口退稅登記證
稅務機關接到企業的正式申請，經審核無誤并按規定的程序批準后，核發給企業"出口退稅登記證"
（4）出口退稅登記的變更或注銷
當企業經營狀況發生變化或某些退稅政策發生變動時，應根據實際需要變更或注銷退稅登記。
2、辦理來料加工貿易免稅證明。
企業以"來料加工"貿易方式免稅進口原材料、零部件后，憑海關核簽的來料加工進口貨物報關單和《來料加工登記手冊》向主管出口退稅的國稅機關辦理"來料加工貿易免稅證明"，持此證明向主管征稅的國稅機關申報辦理免征加工或委托加工貨物及其工繳費的增值稅、消費稅。貨物出口后，憑來料加工出口貨物報關單和海關已核銷的來料加工登記手冊、收匯憑證向主管出口退稅的國稅機關辦理核銷手續。逾期未核銷的，主管出口退稅的國稅機關將會同海關和主管征稅的國稅機關及時以補稅和處罰。
3、退免稅規定
（1）退稅。根據現行的《中華人民共和國增值稅暫行條例》和《中華人民共和國消費稅暫行條例》規定：有些貨物在國內是免稅的，因而此類貨物出口后也是以不含稅成本進入國際市場進行競爭的。根據“未征不退”的原則，對國家統一規定的免稅貨物出口后不再予以退稅。對來料加工復出口的貨物，其外商來料部分，進口時是免稅的，生產企業加工復出口的貨物的加工費收入也是免征增值稅、消費稅的，所以，出口后也不退稅。
（2）免稅。有進出口經營權并已向主管退稅稅務機關辦理出口退稅登記的出口企業，以“來料加工”貿易方式免稅進口原材料、零部件加工復出口的貨物，除另有規定外。加工企業可憑主管出口企業出口稅務局的稅務機關出具的《來料加工免稅證明》，向主管征稅稅務機關申報辦理免征國內加工環節其加工或委托加工貨物工繳費的增值稅、消費稅。
據此，在來料加工的貿易方式下，由于加工所用原材料、部件未征稅，因此沒有退稅問題，而對于其收取的工繳費可以依法免稅。
二、進料加工模式
1、退稅程序
生產企業以“進料加工”貿易方式進口料、件加工復出口的，對其進口料件應根據海關核準的《進料加工登記手冊》填具“進料加工貿易申請表”，報經主管其出口退稅的稅務機關同意蓋章后，再將此申請表送主管其征稅稅務機關，并準許其在計征加工成品的增值稅時對這部分進口料、件按規定征稅稅率計算稅額予以抵扣。貨物出口后，主管退稅的稅務機關在計算其退稅或抵免稅額時，也應對這部分進口料件按規定退稅率計算稅額并予扣減。
2、退稅率
根據國家稅務總局《關于提高部分出口貨物退稅率的通知》（國稅明電〔１９９９〕１１號）、財政部、國家稅務總局《關于進一步提高部分貨物出口退稅率的通知》（財稅字〔１９９９〕２２５號）及財政部、國家稅務總局《關于調整出口貨物退稅率的通知》(財稅［２００３］２２２號)的規定，自２００４年１月１日起，無論任何企業以何種貿易方式出口貨物均按相關通知規定執行。
其中，下列貨物維持現行出口退稅率不變：
（一）現行出口退稅率為５％和１３％的農產品；
（二）現行出口退稅率為１３％的以農產品為原料加工生產的工業品（本通知第三條和第四條的規定除外）；
（三）現行稅收政策規定增值稅征稅稅率為１７％、退稅稅率為１３％的貨物；
（四）船舶、汽車及其關鍵件零部件、航空航天器、數控機床、加工中心、印刷電路、鐵道機車等現行出口退稅率為１７％的貨物（商品代碼及名稱見附件一）。
（注：具體貨物的出口退稅率應根據相應的海關稅號核實）
3、“免、抵、退”稅計算公式
以“進料加工” 貿易方式進口料件加工復出口貨物，計算“免、抵、退”稅的基本公式為：
當期不予抵扣或退稅的稅額 =當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×（征稅率-退稅率）- 當期海關核銷免稅進口料件組成計稅價格×（征稅率 -退稅率）
當期應納稅額 =當期內銷貨物的銷項稅額-（當期全部進項稅額-當期不予抵扣或退稅的稅額）-上期未抵扣完的進項稅額
（1）應退稅額的計算
①如當期應納稅額≥0，則：當期應退稅額=0
②如當期應納稅額＜0，且當期應納稅額的絕對值＜（當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×退稅率-當期進口料件免抵退稅抵減額，則：
當期應退稅額=當期應納稅額的絕對值
③如當期應納稅額＜0，且當期應納稅額的絕對值≥（當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×退稅率-當期進口料件免抵退稅抵減額，則：
當期應退稅額=當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×退稅率-當期進口料件免抵退稅抵減額
結轉下期繼續抵扣的稅額=當期應納稅額絕對值-當期應退稅額 | 
