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一、來料加工模式
1、辦理出口退稅登記
一般程序如下：
（1）有關(guān)證件的送驗及登記表的領(lǐng)取
企業(yè)在取得有關(guān)部門批準其經(jīng)營出口產(chǎn)品業(yè)務(wù)的文件和工商行政管理部門核發(fā)的工商登記證明后，應(yīng)于30日內(nèi)辦理出口企業(yè)退稅登記。
（2）退稅登記的申報和受理
企業(yè)領(lǐng)到"出口企業(yè)退稅登記表"后，即按登記表及有關(guān)要求填寫，加蓋企業(yè)公章和有關(guān)人員印章后，連同出口產(chǎn)品經(jīng)營權(quán)批準文件、工商登記證明等證明資料一起報送稅務(wù)機關(guān)，稅務(wù)機關(guān)經(jīng)審核無誤后，即受理登記。
（3）填發(fā)出口退稅登記證
稅務(wù)機關(guān)接到企業(yè)的正式申請，經(jīng)審核無誤并按規(guī)定的程序批準后，核發(fā)給企業(yè)"出口退稅登記證"
（4）出口退稅登記的變更或注銷
當企業(yè)經(jīng)營狀況發(fā)生變化或某些退稅政策發(fā)生變動時，應(yīng)根據(jù)實際需要變更或注銷退稅登記。
2、辦理來料加工貿(mào)易免稅證明。
企業(yè)以"來料加工"貿(mào)易方式免稅進口原材料、零部件后，憑海關(guān)核簽的來料加工進口貨物報關(guān)單和《來料加工登記手冊》向主管出口退稅的國稅機關(guān)辦理"來料加工貿(mào)易免稅證明"，持此證明向主管征稅的國稅機關(guān)申報辦理免征加工或委托加工貨物及其工繳費的增值稅、消費稅。貨物出口后，憑來料加工出口貨物報關(guān)單和海關(guān)已核銷的來料加工登記手冊、收匯憑證向主管出口退稅的國稅機關(guān)辦理核銷手續(xù)。逾期未核銷的，主管出口退稅的國稅機關(guān)將會同海關(guān)和主管征稅的國稅機關(guān)及時以補稅和處罰。
3、退免稅規(guī)定
（1）退稅。根據(jù)現(xiàn)行的《中華人民共和國增值稅暫行條例》和《中華人民共和國消費稅暫行條例》規(guī)定：有些貨物在國內(nèi)是免稅的，因而此類貨物出口后也是以不含稅成本進入國際市場進行競爭的。根據(jù)“未征不退”的原則，對國家統(tǒng)一規(guī)定的免稅貨物出口后不再予以退稅。對來料加工復(fù)出口的貨物，其外商來料部分，進口時是免稅的，生產(chǎn)企業(yè)加工復(fù)出口的貨物的加工費收入也是免征增值稅、消費稅的，所以，出口后也不退稅。
（2）免稅。有進出口經(jīng)營權(quán)并已向主管退稅稅務(wù)機關(guān)辦理出口退稅登記的出口企業(yè)，以“來料加工”貿(mào)易方式免稅進口原材料、零部件加工復(fù)出口的貨物，除另有規(guī)定外。加工企業(yè)可憑主管出口企業(yè)出口稅務(wù)局的稅務(wù)機關(guān)出具的《來料加工免稅證明》，向主管征稅稅務(wù)機關(guān)申報辦理免征國內(nèi)加工環(huán)節(jié)其加工或委托加工貨物工繳費的增值稅、消費稅。
據(jù)此，在來料加工的貿(mào)易方式下，由于加工所用原材料、部件未征稅，因此沒有退稅問題，而對于其收取的工繳費可以依法免稅。
二、進料加工模式
1、退稅程序
生產(chǎn)企業(yè)以“進料加工”貿(mào)易方式進口料、件加工復(fù)出口的，對其進口料件應(yīng)根據(jù)海關(guān)核準的《進料加工登記手冊》填具“進料加工貿(mào)易申請表”，報經(jīng)主管其出口退稅的稅務(wù)機關(guān)同意蓋章后，再將此申請表送主管其征稅稅務(wù)機關(guān)，并準許其在計征加工成品的增值稅時對這部分進口料、件按規(guī)定征稅稅率計算稅額予以抵扣。貨物出口后，主管退稅的稅務(wù)機關(guān)在計算其退稅或抵免稅額時，也應(yīng)對這部分進口料件按規(guī)定退稅率計算稅額并予扣減。
2、退稅率
根據(jù)國家稅務(wù)總局《關(guān)于提高部分出口貨物退稅率的通知》（國稅明電〔１９９９〕１１號）、財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于進一步提高部分貨物出口退稅率的通知》（財稅字〔１９９９〕２２５號）及財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于調(diào)整出口貨物退稅率的通知》(財稅［２００３］２２２號)的規(guī)定，自２００４年１月１日起，無論任何企業(yè)以何種貿(mào)易方式出口貨物均按相關(guān)通知規(guī)定執(zhí)行。
其中，下列貨物維持現(xiàn)行出口退稅率不變：
（一）現(xiàn)行出口退稅率為５％和１３％的農(nóng)產(chǎn)品；
（二）現(xiàn)行出口退稅率為１３％的以農(nóng)產(chǎn)品為原料加工生產(chǎn)的工業(yè)品（本通知第三條和第四條的規(guī)定除外）；
（三）現(xiàn)行稅收政策規(guī)定增值稅征稅稅率為１７％、退稅稅率為１３％的貨物；
（四）船舶、汽車及其關(guān)鍵件零部件、航空航天器、數(shù)控機床、加工中心、印刷電路、鐵道機車等現(xiàn)行出口退稅率為１７％的貨物（商品代碼及名稱見附件一）。
（注：具體貨物的出口退稅率應(yīng)根據(jù)相應(yīng)的海關(guān)稅號核實）
3、“免、抵、退”稅計算公式
以“進料加工” 貿(mào)易方式進口料件加工復(fù)出口貨物，計算“免、抵、退”稅的基本公式為：
當期不予抵扣或退稅的稅額 =當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×（征稅率-退稅率）- 當期海關(guān)核銷免稅進口料件組成計稅價格×（征稅率 -退稅率）
當期應(yīng)納稅額 =當期內(nèi)銷貨物的銷項稅額-（當期全部進項稅額-當期不予抵扣或退稅的稅額）-上期未抵扣完的進項稅額
（1）應(yīng)退稅額的計算
①如當期應(yīng)納稅額≥0，則：當期應(yīng)退稅額=0
②如當期應(yīng)納稅額＜0，且當期應(yīng)納稅額的絕對值＜（當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×退稅率-當期進口料件免抵退稅抵減額，則：
當期應(yīng)退稅額=當期應(yīng)納稅額的絕對值
③如當期應(yīng)納稅額＜0，且當期應(yīng)納稅額的絕對值≥（當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×退稅率-當期進口料件免抵退稅抵減額，則：
當期應(yīng)退稅額=當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×退稅率-當期進口料件免抵退稅抵減額
結(jié)轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵扣的稅額=當期應(yīng)納稅額絕對值-當期應(yīng)退稅額 | 
