認定單位故意犯罪，首先應當查明單位是否屬實。具體可從兩個方面進行審查：一是從單位的成立形式和組織結構看，經過有權機關或組織（如工商局、上級主管部門等）審批、登記注冊的社會經濟組織等，可以認定為單位。但是，有些有限責任公司、股份有限公司在形式上雖然經過工商部門審批、登記注冊，如果確有證據證實其實際為特定一人出資、一人從事經營管理活動，主要利益歸屬于該特定個人的，應當根據查證屬實的情況，以刑法上的個人論。至于有限責任公司和股份有限公司中各股東的出資比例大小，以及是否具有親屬關系（具有財產共有關系的家庭成員除外），一般來說并不影響對單位的認定；二是從單位的實際活動性質看，如果單位主要從事違法犯罪活動，或者成立單位的目的就是從事違法犯罪活動的，應當否定其正當的單位人格，對其實施的危害行為以個人違法犯罪行為論處。
２．單位故意犯罪的構成特征
在查明單位屬實的基礎上，要認定單位故意犯罪，應當主要把握兩個構成特征：一是犯罪意志的整體性，即單位故意犯罪是經單位集體研究決定或由負責人決定的。如果單位中的一般工作人員擅自為本單位謀取非法利益，事后得到負責人認可或默許的，可以視為其危害行為具有犯罪意志的整體性，以單位犯罪論處。否則，應認定其危害行為系出于個人意志，以個人犯罪論處；二是非法利益歸屬的團體性，即單位故意犯罪在客觀上表現為為單位謀取非法利益的行為，或者違法所得實際歸屬于單位或其中的部分股東單位。只有同時具備以上兩個特征的行為，才能認定單位故意犯罪。
對于單位中的個人假借單位名義實施犯罪，為個人謀取非法利益的，或者雖經單位集體研究決定實施犯罪，但違法所得實際由個人共同分取的，因這兩種情形都不具有非法利益歸屬的團體性特征，應以個人犯罪論處。
對于單位集體決定實施犯罪，個人共同分取違法所得的案件，尤其應當注意貫徹懲辦少數、教育多數的刑事政策，一般只能將共同犯罪活動的組織、領導、指揮者和起主要作用的實行犯納入治罪范圍。
二、幾種特殊對象能否成立單位犯罪的主體
１．單位分支機構等的單位犯罪主體問題
根據最高人民法院有關司法解釋規定，以單位的分支機構或者內設職能部門的名義實施犯罪，違法所得亦歸分支機構或者內設職能部門所有的，應當認定為單位犯罪。不能因為單位的分支機構或者內設職能部門沒有可供執行罰金的財產，就不將其認定為單位犯罪，而按照個人犯罪處理。在具體處理上，應當注意兩點：１ 對于僅參與決策會議，并非犯罪提議者或實際決策者的單位負責人，可以不作為直接負責的主管人員追究刑事責任；對于受單位負責人指派或奉命參與實施了非起主要、關鍵作用的犯罪行為的單位職工，可以不作為直接責任人員追究刑事責任。２ 在對直接負責的主管人員或直接責任人員裁量刑罰時，不能想當然地認定每一直接負責的主管人員在單位犯罪中所起的作用必然大于所有直接責任人員，應當盡量根據各自在單位犯罪中實際所起作用的大小，分清主次罪責，體現罰當其罪。
２．個人承包企業的單位犯罪主體問題
個人承包企業能否成為刑法上的單位，應以發包單位（必須符合刑法上單位的特征）在被承包企業中有無資產投入為標準，分兩種情況分別認定：一是發包單位有資產投入的，因被承包企業是發包單位自主選擇經營方式的結果，是發包單位資產所有權與經營權相分離的表現，并不因為采用發包經營方式而改變其資產屬性和單位的性質，對于該種個人承包企業所實施的犯罪行為，應以單位犯罪論處；二是發包單位沒有資產投入的，其實際表現是發包單位僅僅提供營業執照，屆時按約收取固定的承包費。在該種情形下，因被承包企業的經營資本實際由承包者個人投入，且獨立自主經營，主要收益歸屬于承包者個人所有。對于該種個人承包企業所實施的犯罪行為，可以個人犯罪論處。
３．“名為集體，實為個人”的單位主體問題
“名為集體，實為個人”的單位一般包括兩種情形：一種是本應注冊登記為個人獨資企業或者個體工商戶，卻掛靠國有、集體企業或其他單位從事生產、經營活動的單位；另一種是原為國家或集體所有的企業或其他單位，經改制后，已為個人實際買斷經營，但仍然沿用原國有、集體單位的名稱，并向其上級主管單位繳納固定的管理費用的單位。因以上兩種單位均實際由個人投資，利益也主要歸屬于個人，對其實施的犯罪行為，應以個人犯罪論處。
４．境外（含外國）公司、企業或組織的單位犯罪主體問題
境外（含外國）公司、企業或組織能否認定為刑法上的單位，關鍵在于有無確實的證據證明其存在的真實性和合法性。如果有證據證明系境外合法存在的公司、企業或組織實施有關犯罪行為的，應對其直接負責的主管人員或直接責任人員追究單位犯罪的刑事責任。如果經偵查所獲得的或境外公司、企業、組織提供的證據、材料難以準確說明行為人系以單位身份實施犯罪，或者境外公司、企業或組織具有合法存在的主體資格的，對行為人所實施的嚴重危害行為可以個人犯罪論處，酌情從輕處罰。
