隨著 2008 年 8 月 7 日 高新技術企業認定管理網（ https://www.innocom.gov.cn/huojupublish/index.htm ）的再次全面開通運營，江蘇、浙江、上海等省市的高新技術企業認定工作的陸續啟動，其他省市如：北京、黑龍江、天津等省市也將于近期全面啟動認定工作，結合我們為國內數十家高新技術企業提供高新技術企業認定咨詢、策劃、輔導的實務經驗，當前高新技術企業認定主要面臨一下困境：
一、 許多高新技術企業自主知識產權有問題。
核心知識產權是本次高新技術企業認定的亮點之一； 2008 年 8 月 5 日下午 ，在“全國高新技術企業認定管理工作視頻會議”上科技部萬鋼部長也再次強調核心自主知識產權是申請高新技術企業的必備核心要件之一。另外，自主知識產權亦是企業“其他指標”的重要評價依據之一。如果企業沒有知識產權，或者僅有商標權將難以通過本次高新技術企業認定。企業應該盡快采取措施進行調整，否則將難以繼續享受稅收優惠政策。建議：通過獨家授權使用合同安排。
二、 研發費用不足，也是企業普遍存在的問題。
好多企業因為過去管理松散，沒有單獨核算“研發費用”，造成目前研發費用不足，成為認定高新的主要障礙，另外本次高新認定要求企業需要按照研發項目填報研發費用，如果僅有研發費用而沒有研發項目的還是達不到規定的要求。這些企業應該盡快在專業人士的協助下，做出規劃，少走彎路，提高效率。建議：企業應該設立研發中心，便于歸集研發費用。
三、 有些企業科技和研發人員比例無法達到規定的指標，特別是有些規模較大的生產企業。
盡管企業各方面都達到規定的要求，但由于企業規模龐大，生產技術工人較多，科技人員和研發人員的比例無法達到 30 ％、 10 ％的最低要求，這樣的企業同樣面臨困境。這樣的企業短期內無法調整，比較麻煩。建議：要么勞務外包，要么分立生產環節。
四、 關于申報資料失實的問題。
由于本次高新認定管理辦法明確規定，高新認定中資料經核實失實的要取消高新技術企業資格， 5 年不會受理。所以企業要策劃好自己的高新技術企業認定資料，明顯不附的風險和成本是非常巨大的。取消資格之后的工作就是稅務機關將依法追繳企業所得稅和滯納金，特別需要關注的是目前征管法沒有了漏稅的概念，只能認定為偷稅，這個風險會更大。策劃高新技術企業認定合法性是前提，空間有，風險亦非常大，必須關注。
五、 關于通過高新技術企業認定未來 3 年復審的問題。
目前高新技術企業證書的有效期是 3 年，因此到期后還需要重新復審，復審通過不了也就應意味著稅收優惠到期了，那么這要求企業在策劃本次高新認定的工作中要有前瞻性，最好做成一個企業核算及運營的模型，而不是朝令夕改的處理方式，這樣才能確保未來 3 年期滿后還能認定成高新技術企業。從我們的經驗來看，我們是結合高新認定的要求給企業做出一個可以長期操作的模型，一個目的是降低風險，一個目的是規范化。
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