在商業秘密訴訟中，一般要解決如下問題：
首先是原告訴請保護的信息是否構成商業秘密。這要審查該信息是否符合商業秘密的構成要件。根據反不正當競爭法第十條的規定，所謂商業秘密，是指不為公眾所知悉、能為權利人帶來經濟利益、具有實用性并經權利人采取保密措施的技術信息和經營信息。依據該規定，學術界通常將商業秘密的構成要件歸納為四個，即秘密性、實用性、價值性、保密措施的適當性。
關于秘密性要件主要涉及“不為公眾所知悉”中對公眾的含義的理解，有人認為公眾泛指所有的自然人，有人認為公眾是指具有行業屬性的特定人，筆者認為公眾應指后者即特定人，因為只要不是普通人公知就為秘密，此秘密范圍太寬，理由如下：一是行業內人士公知，行業外人士不公知，此類信息無保密之必要，因為使用者通常為行業內的競爭者，其價值也主要是互相競爭者視其有價值。由于信息不對稱的存在，普通人即使得到了諸如可口可樂的配方那樣的價值連城的商業秘密又怎知其就是可口可樂的配方，又怎知誰需要它？這就是商業秘密的特征，競爭者千方百計想得到它，而普通人假如偶然得到了也難知其為商業秘密。二是在訴訟中若讓非行業內的專業人士來證明其為公知信息不公平，比如一個化學配方行內人士易如反掌就能證明其為公知信息，而行業外普通人如要證明這一點豈非大海撈針？三是把公有信息化入了專有信息范圍，不利于科技創新和社會進步。
對于實用性要件與保密措施的適當性，此不再述。惟有價值性要件需要說明的是，除了能積極地帶來財產增加的信息，還應包括能消極地減少財產支出的信息，比如試（實）驗失敗的數據信息的價值性就在于后者。
第二個問題是被告是否使用了原告的商業秘密。這又可分為兩個小問題：一是原、被告使用的秘密信息是否一致；二是被告使用的秘密信息是否有合法來源。如前所述，商業秘密一般只對競爭者有價值，因此訴訟中的雙方一般是同行業內的競爭對手，生產相同或相似產品或提供相同或相似服務，有時也包括跳槽職工（當然值得提起訴訟的跳槽職工一般也是跳到競爭對手那里），所以審查二者使用的秘密信息是否一致也是訴訟中的關鍵。此處的一致應指實質性一致，這在訴訟中一般要依賴于專家證人或鑒定結論，假如審判人員能明顯判斷一致或不一致的也可不必鑒定。在此基礎上再去審查被告的秘密信息是否有合法來源。應注意的是，該問題是建立在原告的商業秘密成立的基礎之上，只有其商業秘密成立，才談得上二者的秘密是否一致，只有二者的秘密一致才談得上被告的秘密是否有合法來源問題。
但是，是否前者不成立后者就無須審理了呢？有人認為，在商業秘密訴訟中，只要被告能證明原告所要求保護的信息是公知技術，即已經完成了舉證義務，不必進一步證明公知技術與被控侵權技術的關系。筆者認為，這違反了法庭審理的科學規律，剝奪了當事人的權利，因為法官在審理過程中隨著當事人的舉證質證，雖已逐步形成內心確信，但決不能就此對后續問題不作審理，否則剝奪了當事人對在后問題的訴訟權利，尤其是在疑難復雜案件當中，單看某一證據似能認定，但若綜合全案證據則需否定看似能采信之證據，況且法官無論對何問題均應在全案審理完畢之后才作判斷。所以，所謂在后問題無須舉證只能是在裁判時從最終分配舉證義務角度而言，而不是在審理過程中要求當事人不必舉證從而也無須審理了。如此一來，雖方便且有效率，但卻剝奪了當事人的訴訟權利，不合訴訟邏輯。
第三個問題舉證責任，商業秘密訴訟的舉證有其特殊性。原告在訴訟中應舉證證明自己有秘密信息，并且被告是同一競爭領域中生產相同或相似產品（含服務）的人，假如能證明被告曾有機會接觸過其秘密信息的話，對其就更為有利了，如曾為知悉其秘密之員工，或在締約過程中接觸過等，此時不論其秘密信息在最終裁判時能否成立，舉證責任即轉移至被告方（因為此時秘密信息是否成立法庭不作裁判）。被告應舉證證明其所使用的信息是否與原告一致，是否有合法來源。假如雙方的秘密信息一致，被告就必須證明其秘密信息的合法來源，否則即構成侵權。合法來源包括獨立研制、合法受讓、反向工程等。
