1、出口發票開具時間問題
出口發票是出口企業辦理退稅的一個重要單證。出口退稅要求企業提供的是稅務機關監制的出口發票，增值稅專用發票及出口發票的開具時限要求在該筆出口貨物的出口退（免）稅申報期限前開具。
2、出口企業銷售處理問題
（1）外貿企業在貨物出口時，應在貨物報關出口的當月做銷售處理（月底結帳后出口的貨物可在次月做銷售處理）。
（2）生產企業產品按FOB價出口的，應在貨物報關出口的當月做銷售處理；按CIF價出口的，應在貨物報關出口并能準確確認出口報關單所注明的國外運費、保險費、傭金后做銷售處理。
3、外貿企業國內采購原料加工出口問題
目前外貿企業出口方式呈現新的特點，即在國內購料、委托生產加工后再出口。這種方式的特點是出口貨物名稱與企業在申報退稅時所提供的增值稅專用發票上的貨物名稱不符，且一張報關單對應多張發票。從這種方式已退稅申報情況看，存在加工合同簡單、發票開具不規范等問題。為規范管理，明確如下要求；
（1）企業在申報退稅時，必須同時提供主料與加工費的增值稅專用發票，如兩者中只能提供一張增值稅專用發票（主料或加工費），將按單證不齊予以征稅。
（2）企業在申報退稅時，提供的原料購銷合同和委托加工合同內容要詳細、規范。即購進原料在購銷合同上要有詳細的數量、單價、金額、結算方式、運輸方式等；委托加工合同必須注明單耗、損耗以及所提供料件和加工成品的數量等。
（3）國內購料、委托生產加工后出口商品的換匯成本不能高于出口匯率。如出現換匯成本高的問題，按第三條規定調整后計算退稅額。
（4）國內購料、委托生產加工后出口商品分別是按原料和加工商品的退稅率辦理退稅，對原料與出口商品的退稅率一致的，可統一按出口商品的退稅率辦理退稅。為確保退稅率使用的準確性，出口企業在退稅申報時必須提供原料的出口商品編碼，以便退稅機關查詢和確定退稅率。
4、外貿企業報關單涉及征稅問題
外貿企業出口的報關單上有兩筆以上貨物同時出口，既有應退稅貨物，又有應征稅貨物。為確保應征稅貨物不出現稅收漏洞，要求出口企業在申報出口退稅時，應同時提供應征稅貨物完稅憑證或計提銷項稅財務處理的原始憑證（復印件）。
5、外貿企業增值稅發票取得問題
外貿企業取得的增值稅專用發票是辦理出口退稅的主要單證。按照增值稅專用發票開具時限的稅收規定，供貨企業應在貨物發出的當天開具發票。由于外貿企業資金、貨物質量等問題，發票開具滯后的問題比較突出。考慮到外貿企業出口經營特殊性，以及出口退稅申報“90日”的時間要求，外貿企業必須在貨物報關出口之日90日以內取得增值稅發票，即增值稅發票開具日期在出口報關單“出口日期”之日起90日以內，對超過90日開具的發票，將按單證逾期不予辦理退稅。
6、生產企業取得非自產產品進出口經營權問題
生產企業出口退稅的產品是自己生產加工的產品，對非自產產品執行的是征稅的政策規定。目前，雖然工商及外經貿部門允許生產企業從事非自產產品的進出口業務，但生產企業上述政策規定并沒有變化，如企業出口非自產產品需做繳稅處理。
7、出口企業逾期申報處理問題
出口企業將貨物報關出口后，應在滿“90日”后的申報期內申報退稅。對有特殊原因不能按期申報,但符合延期申報規定的企業，經市局審批后最多可延期三個月申報。對辦理延期申報的出口企業，必須在申報期內先按規定做銷售處理并進行納稅申報、出口退稅申報（做單證不齊標志）后方可辦理延期申請。對未按上述規定處理的出口企業，不予審批延期手續。
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